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宏基因組學(xué)測(cè)序的主要瓶頸是快速有效的DNA提取。我們對(duì)多種樣本類(lèi)型采用了三種磁珠提取法平臺(tái)(KingFisher, epMotion, and Tecan)和一種標(biāo)準(zhǔn)化離心柱法平臺(tái)進(jìn)行了DNA提取效率的比較實(shí)驗(yàn)，這些樣本包括糞便、口腔、皮膚、土壤和水。美國(guó)科學(xué)家Clarisse Marotz等提取重復(fù)樣本并且用16S rRNA基因擴(kuò)增平行測(cè)序來(lái)評(píng)估提取差異和DNA質(zhì)量。數(shù)據(jù)證明，與樣本的多樣性相比，提取方法對(duì)測(cè)序結(jié)果的任何影響很小。然而，KingFisher平臺(tái)可以在zui短的時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生zui大量的高質(zhì)量讀長(zhǎng)序列。基于這些結(jié)果，我們?cè)跊](méi)有丟失細(xì)菌分類(lèi)或豐度信息的情況下顯著減少了樣本的處理時(shí)間。
原文：
DNA extraction for streamlined metagenomics of diverse environmental samples. Clarisse Marotz, Amnon Amir, Greg Humphrey. BioTechniques 62:290-293 (June 2017).
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